Cuetlajuchitlán es un sitio con una larga secuencia ocupacional que abarca por lo menos 11 siglos, desde el asentamiento de los primeros habitantes del sitio, quienes alrededor del 800 a.C. formaron una pequeña aldea, la cual creció y floreció hasta el año 200 d.C. en el periodo Clásico Temprano, convirtiéndose en uno de los principales y más complejos núcleos poblacionales en el noroeste del estado de Guerrero. En esos años, sus pobladores originales emigraron, posiblemente a las márgenes del río Mezcala, siendo reocupado el lugar por nuevos habitantes, quienes edificaron viviendas sencillas en los antiguos espacios públicos, para abandonar totalmente el lugar en el año 300 d.C.
En su etapa de esplendor, Cuetlajuchitlan poseía una traza planificada y una distribución arquitectónica compleja en la que se construyeron pasillos enlajados, grandes plataformas, conjuntos habitacionales para la élite y probablemente talleres; todos estos manufacturados con grandes bloques alargados y grandes cilindros de cantera tallada que funcionaban a manera de columnas. Durante el periodo de auge, las elites gobernantes del sitio entraron en la esfera de influencia de los grupos que poblaron el valle de Morelos, los cuales tenían una estrecha relación con Teotihuacan, la gran metrópoli del Altiplano Central, además de mantener interacción con otras regiones del estado de Guerrero como la Región Centro.
Fue descubierta en 1991 durante la construcción de la Carretera Cuernavaca-Acapulco, mejor conocida como la Autopista del Sol, misma que cruza 50 m por debajo del complejo mediante un túnel de un solo arco, conocido como Los Querendes, el cual se tuvo que adecuar con estrictas medidas precautorias para evitar la destrucción del yacimiento arqueológico. El sitio arqueológico abarca un área de 35 has., actualmente se encuentran descubiertas dos de ellas, en las que se concentran nueve complejos arquitectónicos labrados en cantera rosa. El asentamiento estuvo poblado desde 600 a.c. y floreció en el 200 a.c. y las evidencias tardías de ocupación ocurrieron en el 200 d.c.